SpatialPerturb 文档¶

SpatialPerturb 是一个面向 Spatial Transcriptomics + Perturb-seq 工作流的 AnnData 原生 Python 包。它既支持已有 perturbation label 的空间扰动分析，也支持“未扰动 Xenium 组织 + Perturb-seq reference atlas”的 program projection 分析。

当前版本可以做什么¶

统一 AnnData schema，并在 uns["spatialperturb"] 里保留 provenance。
读取真实 10x Xenium outs，包括 cell_feature_matrix.h5、cells.csv.gz、cell-group CSV 和 Xenium Explorer ROI GeoJSON。
导入 Stereo-seq 风格 cell-level 数据，或直接从 expression/meta tables 构建对象。
基于 barcode features 做 perturbation assignment，并自动标记 single / multiple / unassigned。
构建 knn / radius 空间图，收集邻居边。
运行 intrinsic_de、neighbor_de、differential_lr、platform_concordance、power_curve。
构建 Perturb-seq reference programs，并投影到 unperturbed spatial tissue。
支持 simple、pseudobulk 和 full-scale reference projection 中的 effect-size-only program ranking。
支持 Nature Methods Brief Communication 风格的 reference validation、null calibration、spatial autocorrelation、ablation 和主图输出。
提供 public dataset lifecycle：fetch_dataset()、prepare_dataset()、load_public_dataset()。
跑 benchmark 并固定导出 tables、figures、manifest 和 biological interpretation。

最短示例¶

import spatialperturb as sp

adata = sp.load_demo_dataset()

results = sp.run_core_benchmark(
    adata,
    perturbations=["Lrrk2", "Srf"],
    control="control",
    config={
        "method": "pseudobulk",
        "sample_col": "sample",
        "concordance_level": "both",
    },
    output_dir="reports/demo",
)

公开 benchmark / reference 目录¶

gse241115_breast_cropseq -> breast cancer CROP-seq reference
gse281048_pathway_atlas -> pathway Perturb-seq atlas, including MCF7 when R/Seurat is available
shen_2026_stereoseq -> GSE274447
shen_2026_scrnaseq -> GSE274058
demo_spatialperturb -> synthetic paired dataset

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